Toda combustión rápida es generadora de un amplio y diversificado grupo de contaminantes atmosféricos, aparte de productos que se obtienen en toda combustión de hidrocarburos, como son el dióxido de carbono y el vapor de agua.
Estos subproductos dependen de la composición y forma física del combustible usado, de los equipos de combustión, del control efectuado sobre la misma combustión, y de la existencia de tecnología anticontaminante en las instalaciones. Los gases de combustión contienen, básicamente, Dióxido de azufre (SO2) y Óxido nitroso (NOx), que contribuyen a la lluvia ácida, Dióxido de carbono (CO2), contribuye al efecto invernadero, y partículas.
La baja utilización actual del fuel en la generación eléctrica, a causa de la sustitución por el gas natural, hace que el carbón sea el principal foco emisor de gases contaminantes del sector. Sin embargo, la adaptación a las exigencias medioambientales europeas de este tipo de centrales y la utilización de tecnologías limpias del carbón disminuyen significativamente sus emisiones de gases de efecto invernadero.
El gas natural, respecto a las emisiones de gases, presenta una clara ventaja respecto a los otros combustibles fósiles, como el carbón o el petróleo, ya que sus emisiones son menores, no necesita transformación previa al uso, y es cómodo y económico por su manipulación, aunque requiere más infraestructura para transportarlo. No obstante, hay que recordar que el gas natural no deja de ser un combustible fósil y, por tanto, un recurso limitado.
Las necesidades de agua de refrigeración en este tipo de centrales hace que sean una fuente de contaminación sobre los ríos y sus afluentes, especialmente por el aumento de temperatura que sufren.