La construcción de una central hidráulica comporta una intervención sobre el territorio que transforma el paisaje e interactúa con los sistemas naturales del entorno. Por este motivo, hace falta actuar con mucha prudencia en el proyecto y construcción de un nuevo aprovechamiento hidroeléctrico.
La fauna, la vegetación y el ciclo natural del agua pueden verse afectados si no se prevén y corrigen los potenciales efectos negativos sobre el medio que una intervención de estas características ocasiona.
Las minicentrales hidroeléctricas, en general, tienen un impacto ambiental menor, pero es conveniente tomar medidas preventivas, como:
Dejar un pequeño paso de agua desde la presa hasta al río para mantener la capa freática –nivel de las aguas subterráneas– y para facilitar la libre circulación de peces y otros organismos vivos, conocido como caudal ecológico.
Realizar la construcción sin agredir la armonía del paisaje e integrando al máximo edificios y infraestructuras asociadas a la instalación.
Actualmente la legislación contribuye a minimizar los efectos negativos de las obras e instalaciones, ya que obligan a garantizar el caudal ecológico mínimo, a proteger la biodiversidad de la zona (flora y fauna) o a reforestar completamente las zonas afectadas, entre otras actuaciones. Herramientas como los estudios paisajísticos, los estudios de impacto, etc. ayudan a conseguir dichos objetivos.